Кандидат по 3 избирательному округу (Южное Тушино).
Родился 20 февраля 1972 года в Севастополе.
В 1989 году окончил в Севастополе среднюю школу №30. С детства интересовался космосом. Увлекался научной фантастикой. Уже в 15 лет научился управлять спортивным самолетом.
С 1989 по 1992 гг. учился в Черниговском высшем военном авиационном училище.
В 1992 году был переведен в Качинское высшее военное авиационное училище, в 1994 году получил диплом с отличием по специальности «Командная тактическая авиация» (квалификация «летчик-инженер»).
В 1997 году закончил Военно-воздушную инженерная академия имени профессора Н. В. Жуковского, испытание летательных аппаратов.
Следующим этапом стала служба в частях ВВС – сначала в должности лётчика, старшего лётчика, затем инструктора авиационной группы высшего пилотажа Центра показа авиационной техники ВВС на авиабазе Кубинка Московской области.
В начале 2000-ых годов получил положительное заключение (допуск к специальным тренировкам) и был зачислен в отряд космонавтов им. Ю. А. Гагарина для прохождения общекосмической подготовки.
В июле 2005 года - присвоена квалификация «космонавт-испытатель».
В 2010 году закончил Российскую академию государственной службы при Президенте Российской Федерации, диплом с отличием по специальности «Юриспруденция».
В ноябре 2011 г. – апреле 2012 гг. совершил первый полет в космос в качестве командира ТПК «Союз ТМА-22» и выполнил выход в открытый космос длительностью 6 часов 15 минут.
В 2014 году стал кандидатом технических наук.
В ноябре 2014 – июне 2015 гг. - второй космический полет, командир космического корабля «Союз ТМА-15М». Экипаж провел около 50 научно-прикладных исследований и экспериментов, выполнил бортовые фото-, видеосъемки.
В декабре 2017 – июне 2018 гг. совершает третий полет в качестве командира корабля «Союз МС-07», в ходе которого 2 февраля 2018 года выходит в открытый космос на 08 часов 12 минут. Это становится новым российским рекордом.
Еще одна уникальная экспедиция состоялась с октября 2021 г. по март 2022 г. - управляет космическим кораблем на борту которого вместе с ним отправляются режиссер Клим Шипенко и актриса Юлия Персильд.
19 января 2022 года Шкаплеров вновь выходит в открытый космос вместе с космонавтом Петром Дубровым.
В настоящее время работает заместителем начальника I-го управления Центра подготовки космонавтов им.Ю.А.Гагарина. Его задачи – отбор будущих космонавтов и контроль за их подготовкой.
- Герой Российской Федерации(Указ Президента России от 2 ноября 2013года)
- Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени(29 мая 2019 года) - за мужество и высокий профессионализм, проявленные при осуществлении длительного космического полёта на Международной космической станции;
- Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени(26 января 2017 года) — за мужество и высокий профессионализм, проявленные при осуществлении длительного космического полёта на Международной космической станции;
- Медали Министерства обороны Российской Федерации: «За воинскую доблесть» II степени,«За укрепление боевого содружества»,«За отличие в военной службе» I, II, III степени, «За службу в Военно-воздушных силах»,«100 лет Военно-воздушным силам»; медаль Алексея Леонова (Кемеровская область, 2015) - за совершённый в 2011 году выход в открытый космос;
- Знак преподобного Сергия Радонежского(Московская область, 15 января 2021 года) - за особо плодотворную государственную, благотворительную и общественную деятельность на благо Московской области;
- Лётчик-космонавт Российской Федерации;
- Космонавт 1-го класса (14 августа 2018, «За образцовое выполнение пилотируемых космических полётов по программе МКС, а также в соответствии с Положением о космонавтах РФ»);
- Медаль «За выдающуюся общественную службу» (НАСА);
- Медаль «За космический полёт» (НАСА);
- «Почётный гражданин города-героя Севастополя» (11 сентября 2012);
- С 9 марта 2013 года - почётный гражданин города Гагарин «за большие заслуги в области исследования, освоения и использования космического пространства, многолетнюю добросовестную работу, активную общественную деятельность, продолжение звёздного подвига Юрия Алексеевича Гагарина».
В мае 2024 года – победитель в предварительном голосовании партии «Единая Россия» по Москве для выдвижения в Московскую городскую думу VIII созыва по избирательному округу №3.